Suomen ympäristökeskuksen organisaatio muodostuu toimintayksiköistä, joiden järjestämisestä ja tehtävistä määrätään tarkemmin työjärjestyksessä.

Suomen ympäristökeskuksen neuvottelukunnan tehtävänä on ympäristöalan tutkimus- ja kehittämistoiminnan yleinen arviointi, strategisen suunnittelun tukeminen sekä Suomen ympäristökeskuksen ja sen sidosryhmien välisen yhteistyön edistäminen.

Neuvottelukuntaan kuuluu Suomen ympäristökeskuksen pääjohtaja sekä enintään kaksitoista muuta jäsentä, joista yksi on Suomen ympäristökeskuksen henkilöstön keskuudestaan nimeämä henkilö.

Ympäristöministeriö asettaa neuvottelukunnan Suomen ympäristökeskuksen esityksestä enintään neljäksi vuodeksi kerrallaan ja vahvistaa jäsenten palkkiot.

Pääjohtajan lisäksi Suomen ympäristökeskuksessa on tutkimusjohtajia sekä muuta virkasuhteessa ja työsopimussuhteessa olevaa henkilöstöä.

Pääjohtajalla, jos hän on suorittanut tohtorin tutkinnon, sekä tutkimusjohtajalla on professorin arvonimi.

Välittömästi pääjohtajan alaisen toimintayksikön päällikkönä toimii pääjohtajan tehtävään määräämä virkamies.

Pääjohtaja johtaa ja kehittää Suomen ympäristökeskuksen toimintaa sekä vastaa toiminnan tuloksellisuudesta ja tavoitteiden saavuttamisesta.

Pääjohtaja ratkaisee asiat, jotka koskevat: